《實施方案》堅持生態優先、系統保護的基本原則，以加強長江珍稀瀕危物種資源保護、修復重要水生生物關鍵棲息地、提高漁政執法監管能力、健全水生生物資源及棲息地監測體系、提升長江生物物種保護技術水平為重點任務，通過統籌加強長江水生生物多樣性保護，為推進長江生態系統治理能力現代化、維護國家生態安全奠定堅實基礎。

根據《實施方案》總體目標，到2025年，中華鱘、長江江豚、長江鱘等珍稀瀕危物種資源保護將取得階段性成效，水生生物關鍵棲息地得到有效修復和保護，資源及棲息地監測監管能力明顯提升，物種保護科技支撐能力明顯增強，水生生物資源量有所增加，水生生物完整性水平穩步提高。